経営力向上計画の申請は、思いつきで進めるものではなく、事前準備から認定後の実行・活用までを見据えた段階的なプロセスで構成されています。計画の内容をまとめて提出すれば終わり、という制度ではありません。

具体的には、

• 計画内容の整理・数値設定

• 必要書類の準備

• 申請・認定

• 認定後の設備投資や税制・金融支援の活用

といった複数のステップを順番に進めていく必要があります。

この全体像を最初に把握しておくことで、

「申請は通ったが税制が使えなかった」

「設備を先に取得してしまい認定が間に合わなかった」

といった実務上の失敗を防ぐことができます。

また、各ステップには目安となる処理期間や準備すべき書類があり、それを理解したうえでスケジュールを組むことが重要です。経営力向上計画を確実に活用するためには、全体の流れを把握し、逆算しながら計画的に進めることが成功のポイントとなります。

経営力向上計画の申請をスムーズに進めるためには、申請書を作成する前の準備段階が非常に重要です。この事前準備を怠ると、提出先の誤りや必要書類の不足により、申請の差し戻しや認定遅延につながる可能性があります。

まず最初に行うべきことは、自社の事業分野の確認です。経営力向上計画は、日本標準産業分類に基づいて所管省庁が決まっており、事業分野ごとに適用される「事業分野別指針」または「基本方針」に沿って計画を策定する必要があります。中小企業庁の公式サイトで事業分野と提出先を確認し、自社がどの省庁へ申請するのかを明確にしておきましょう。

次に、設備投資を予定している場合の事前手続きです。中小企業経営強化税制を活用する場合、類型に応じた証明書等の取得が必要になります。

A類型（生産性向上設備）では、設備メーカーを通じて工業会等へ証明書の発行を依頼します。発行までにおおよそ2週間程度かかるため、設備選定と並行して早めに手続きを進めることが重要です。B類型やD類型などの場合は、認定経営革新等支援機関による事前確認を受けたうえで、経済産業局へ投資計画の確認申請を行います。

また、GビズIDプライムアカウントの取得も欠かせない準備の一つです。現在、経営力向上計画の申請は電子申請が原則となっており、GビズIDがなければ申請プラットフォームにログインできません。アカウント発行には約2週間を要するため、申請を検討し始めた段階で早めに取得手続きを行うことをお勧めします。

さらに、財務データと経営指標の整理も事前に行っておくと安心です。直近の決算書を準備し、労働生産性や有形固定資産回転率など、計画書に記載する経営指標の現状値を算出しておきます。これらの数値をあらかじめ把握しておくことで、申請書作成時の作業負担を大幅に軽減できます。

このように、申請前の準備を丁寧に進めておくことで、申請手続き全体がスムーズになり、認定までの時間短縮や申請ミスの防止につながります。

事前準備が整ったら、いよいよ経営力向上計画の申請手続きに進みます。現在は電子申請が主流となっており、正しい手順を理解しておくことで、申請から認定までをスムーズに進めることができます。

電子申請の場合は、経営力向上計画申請プラットフォームにGビズIDでログインし、申請書の作成を開始します。画面の案内に沿って、企業概要、現状の経営課題、経営力向上の目標、具体的な取組内容、資金調達方法などを順に入力していきます。入力項目は多岐にわたりますが、プラットフォームにはエラーチェック機能が備わっており、記入漏れや数値の不整合がある場合は自動的に指摘される仕組みになっています。

申請書の入力と併せて、必要な添付書類を準備します。設備投資を伴う場合は、工業会等の証明書や経済産業局の確認書をPDF形式でアップロードします。すべての入力内容と添付書類を確認したうえで申請を提出すると、受付番号が発行され、正式に審査が開始されます。

審査にかかる期間は提出先や申請方法によって異なります。経済産業部局宛ての電子申請であれば、標準処理期間は約14日（休日を除く）です。書面申請の場合は約30日、複数の省庁にまたがる申請では約45日程度かかるのが一般的です。審査中に内容の確認や修正が必要と判断された場合、照会や差し戻しが行われることがありますが、迅速に対応することで認定までの遅れを最小限に抑えることができます。

認定が完了すると、電子申請の場合はマイページから認定書をPDF形式でダウンロードできます。書面申請の場合は、事前に同封した返信用封筒を通じて認定書が郵送されます。認定書と申請書の写しは、税務申告や補助金申請、金融機関への提出など、さまざまな場面で必要となる重要な書類です。認定後は、データと紙の両方で適切に保管しておきましょう。

経営力向上計画の認定を受けた後は、計画書に記載した内容に沿って、実際の取組を進めていく段階に入ります。ここからは「いつ・何を・どう進めるか」を誤ると、税制措置や支援策を受けられなくなる可能性があるため、実務上のルールを正しく理解しておくことが重要です。

設備投資を行う場合は、原則として認定を受けた後に設備を取得します。認定前に設備を購入してしまうと、税制優遇の対象外となるため注意が必要です。例外として、設備取得日から60日以内に申請書が主務大臣に到達していれば認められるケースもありますが、この場合でも「設備を取得した事業年度内に認定を受けていること」が税制適用の前提となります。

設備を取得し、実際に事業の用に供した後は、その事業年度の税務申告において税制措置を適用します。法人税や所得税の確定申告時に、認定書の写し、認定申請書の写し、工業会等の証明書または経済産業局の確認書の写しを添付することで、即時償却または税額控除を選択して適用することができます。

金融支援を活用する場合は、認定書をもとに金融機関へ相談を行います。日本政策金融公庫の低利融資や、信用保証協会による保証枠の拡大など、経営力向上計画の認定を前提とした支援制度を利用できる可能性があります。金融機関に対しては、認定書とあわせて事業計画の内容を説明することで、融資審査がスムーズに進むケースもあります。

計画期間中は、策定時に設定した経営指標や取組内容について、定期的に進捗を確認することが大切です。労働生産性などの指標が計画通りに推移しているかを把握し、必要に応じて取組内容を見直します。計画に記載していない設備を追加で取得する場合や、計画内容を変更する場合には、事前に変更申請を行い、改めて認定を受ける必要があります。

認定後の対応までを含めて適切に管理することで、経営力向上計画のメリットを最大限に活かすことができます。

経営力向上計画を活用して中小企業経営強化税制の適用を受けるには、単に計画を認定されるだけでは不十分です。選択する類型によって、事前準備の内容や必要書類、申請先、手続きの順序が異なるため、正しいフローを理解した上で進めることが欠かせません。

特に設備投資を伴う場合は、「どの類型に該当するのか」「いつ、どの証明書や確認書が必要なのか」「計画認定と設備取得の順序はどうあるべきか」といった点を誤ると、税制措置を受けられなくなるリスクがあります。実務では、制度自体を理解していても、フローの違いを見落としてしまうケースが少なくありません。

このセクションでは、中小企業経営強化税制の各類型に共通する基本的な考え方を整理したうえで、類型ごとの申請の流れを分かりやすく解説します。自社の設備投資計画や経営方針に合った類型を選び、無駄なく・確実に税制優遇を受けるための全体像を把握していきましょう。

A類型は、生産性向上につながる設備であることを工業会等の証明書によって確認する方式で、中小企業経営強化税制の中でも最も利用されている類型です。設備投資と申請の順序が明確に決まっているため、フローを正しく押さえることが重要になります。

まず、設備投資を検討した段階で、設備メーカーに連絡し、その設備がA類型の要件を満たすかを確認します。要件を満たす場合、メーカー経由で該当する工業会等に証明書の発行を依頼します。証明書の発行には通常約14日程度かかるため、設備取得や申請期限から逆算して早めに動くことがポイントです。

工業会等の証明書が発行されたら、その写しを添付して経営力向上計画の申請を行います。電子申請の場合は証明書をPDFでアップロードし、書面申請の場合はコピーを添付します。なお、証明書の原本は税務申告時に必要となるため、必ず手元で保管しておきます。

計画が認定された後に、設備の発注・取得を行います。原則として認定後の設備取得が必要ですが、例外として、設備取得日から60日以内に申請が受理されている場合は、認定前取得も認められます。ただし、この場合でも設備を取得した事業年度内に認定を受けていることが必須条件となるため、決算期が近い場合は特に注意が必要です。

設備を取得し、実際に事業の用に供した後は、その事業年度の確定申告時に税制措置を適用します。即時償却または税額控除のいずれかを選択し、申告書には

• 工業会等の証明書の写し

• 経営力向上計画の申請書の写し

• 認定書の写し

を添付して提出します。

これらの書類が揃ってはじめて、A類型による税制優遇が正式に適用されます。

B類型は、設備投資による収益力の向上を重視する類型で、工業会証明を必要とせず、経済産業局の投資計画確認によって要件を満たす方式です。業種や設備の自由度が高く、A類型に該当しない設備でも活用できる点が特徴です。

まず、設備投資に関する投資計画を策定します。この計画では、対象設備によって得られる効果を数値で示し、年平均の投資利益率が5％以上となる見込みを立てる必要があります。投資額、利益増加見込み、算定根拠を明確にし、第三者が見ても合理的と判断できる内容にまとめることが重要です。

次に、この投資計画について、認定経営革新等支援機関（税理士、公認会計士、商工会議所、中小企業診断士など）による事前確認を受けます。ここでは、数値計算の妥当性だけでなく、計画全体の実現可能性や前提条件の整合性がチェックされます。修正を求められるケースもあるため、余裕を持って相談・確認を進めましょう。

事前確認書を取得した後、経済産業局へ投資計画の確認申請を行います。申請内容に問題がなければ、経済産業局から「投資計画確認書」が交付されます。この確認には一定の期間を要するため、設備取得時期や決算期を踏まえ、スケジュール管理が重要になります。

確認書が交付されたら、その写しを添付して経営力向上計画を申請します。電子申請・書面申請のいずれも可能で、申請方法自体はA類型と同様です。計画が認定された後、確認書に記載された内容に沿って設備を取得し、事業の用に供します。

設備取得後は、その事業年度の確定申告時に税制措置を適用します。即時償却または税額控除のいずれかを選択し、申告書には

• 経済産業局の投資計画確認書の写し

• 経営力向上計画の申請書の写し

• 認定書の写し

を添付して提出します。

確認書の原本は申告後も重要書類として保管し、金融機関や税務調査で求められた場合に備えておきましょう。

D類型は、M&Aや事業承継を通じて経営資源を集約し、生産性向上や事業基盤の強化を図る場合に活用できる類型です。単なる設備更新ではなく、事業再編・統合を伴う設備投資が前提となる点が大きな特徴です。

まず前提として、D類型を利用するには、事業承継またはM&Aに該当する取引が行われていることが必要です。具体的には、株式取得、事業譲渡、会社分割などにより、他社の事業や経営資源を引き継ぐケースが対象となります。設備投資は、この経営資源集約と一体で行われる必要があります。

次に、経営資源集約化に関する計画を策定します。計画では、

・どのような事業を引き継いだのか

・その結果、どの設備を導入・更新するのか

・設備導入によってどのように生産性や収益力が向上するのか

を、定量・定性の両面から整理します。単に「設備を購入する」だけでは足りず、経営統合の効果と設備投資の関係性を明確に示すことが重要です。

計画がまとまったら、認定経営革新等支援機関による事前確認を受けます。D類型では、投資内容や事業再編の妥当性について第三者確認が必須となっており、M&Aの背景や事業の継続性、設備投資の合理性などが確認されます。

事前確認書を取得後、経済産業局に対して投資計画の確認申請を行います。経済産業局では、

・経営資源集約化に該当するか

・設備投資が集約化後の事業運営に資するものか

・税制措置の趣旨に沿っているか

といった観点から審査が行われ、問題がなければ確認書が交付されます。

確認書の交付後、その写しを添付して経営力向上計画の申請を行います。申請方法は電子申請・書面申請のいずれも可能で、他類型と同様に認定後の設備取得が原則となります。

計画の認定を受けた後、設備を取得し事業の用に供したら、確定申告時に税制措置を適用します。即時償却または税額控除を選択し、申告書には

・経済産業局の確認書の写し

・経営力向上計画の申請書の写し

・認定書の写し

を添付して提出します。

D類型はM&Aや事業承継と紐づくため、確認書や契約関係資料の保管も特に重要となります。

E類型は、売上拡大や事業規模の拡張を目的とした設備投資を対象とする類型です。既存事業の延長線上で生産量を増やしたり、取引先や受注量の増加に対応するための設備導入など、事業規模を一段引き上げる投資が前提となります。

まず重要なのは、E類型では「生産性向上」や「収益力強化」そのものよりも、事業規模の拡大が明確に説明できるかが重視される点です。単なる老朽設備の更新や置き換えでは対象にならず、設備投資によって売上・取扱量・生産能力が拡大することを計画上で示す必要があります。

最初のステップとして、経営規模拡大に関する投資計画を策定します。計画では、

・設備導入によって拡大する事業内容

・拡大後の売上規模や生産量の見込み

・設備投資と売上増加の因果関係

を具体的に整理します。数値根拠が曖昧な計画は認められにくいため、受注見込みや市場動向なども踏まえて説明することが重要です。

次に、この投資計画について認定経営革新等支援機関による事前確認を受けます。E類型では、事業拡大の合理性や計画の実現可能性について第三者の確認が必須です。

支援機関は、

・売上拡大の根拠

・設備投資額と拡大量のバランス

・過度に楽観的な見込みになっていないか

といった点を中心に確認します。

事前確認書を取得した後、経済産業局に対して投資計画の確認申請を行います。経済産業局では、当該設備が「経営規模拡大設備」に該当するかどうかを審査し、要件を満たしていれば確認書が交付されます。

確認書の交付後、その写しを添付して経営力向上計画の申請を行います。電子申請・書面申請の流れは他類型と同様で、計画認定を受けた後に設備を取得するのが原則です。

設備取得後60日以内の申請が認められる例外もありますが、事業年度内認定の要件は変わらないため注意が必要です。

設備を取得し事業の用に供した後は、確定申告時に税制措置を適用します。即時償却または税額控除を選択し、申告書には

・経済産業局の確認書の写し

・経営力向上計画の申請書の写し

・認定書の写し

を添付して提出します。

E類型では、売上拡大の前提となる契約書や受注資料なども、将来の確認に備えて保管しておくことが実務上有効です。

税制措置を実際に適用するためには、税務申告時の手続きが最終かつ重要なステップとなります。

経営力向上計画の認定や設備取得が完了していても、申告手続きが適切に行われなければ、即時償却や税額控除は適用されません。

確定申告書を作成する際には、中小企業経営強化税制の適用に関する明細書を別表として添付します。

即時償却を選択する場合は、取得価額の全額を当期の減価償却費として損金算入します。

税額控除を選択する場合は、取得価額の 10％（資本金3,000万円超1億円以下の法人は 7％）を法人税額から控除します。

なお、即時償却と税額控除は設備ごとに選択可能ですが、申告後の変更はできません。

申告時の添付書類として、以下の写しが必要となります。

• 認定経営力向上計画の認定書

• 経営力向上計画の申請書

• 工業会等の証明書（A類型）または経済産業局の確認書（B・D・E類型）

これらの書類が揃っていない場合、税制措置は認められないため、申告前に必ず確認してください。

申告後、税務署から書類の不備や内容確認のための照会が行われることがあります。

その際は、計画内容や設備投資の実態について説明を求められることがあるため、申請書・認定書・設備関係資料は一式を整理して保管しておくことが重要です。

また、税額控除を選択した場合、法人税額から控除しきれなかった金額については、翌事業年度への繰越が可能です。

繰越額がある場合は、翌期以降の申告においても適切に処理する必要があります。

経営力向上計画は、認定を受けた時点で完結するものではなく、事業環境や投資計画の変化に応じて柔軟に見直すことができる制度です。

設備投資の追加や内容変更、計画期間の調整などが生じた場合には、所定の手続きを行うことで変更認定を受けることが可能です。

変更申請のフローを事前に理解しておくことで、

「設備を先に取得してしまい税制措置が使えなかった」

「変更申請が必要だと気づかず申告時に否認された」

といった実務上のトラブルを防ぐことができます。

特に税制優遇措置を目的とする場合、変更申請のタイミングと設備取得時期の関係は非常に重要です。

原則として、変更認定を受けた後に設備を取得する必要があるため、全体の流れを把握したうえで計画的に進めることが求められます。

以下では、変更が必要となる場面から、具体的な申請手順、認定後の流れまでを、実務目線で整理して解説します。

経営力向上計画では、認定後に一定の内容変更が生じた場合、変更申請を行わなければ税制措置や支援策を適用できません。特に実務上よく発生する代表的なケースを、事前に把握しておくことが重要です。

最も多いのが、追加の設備投資を行う場合です。

認定時の計画には含まれていなかった設備を新たに取得し、その設備について即時償却や税額控除などの税制措置を受けたい場合には、必ず変更申請が必要となります。例えば、当初は1台のみ導入予定だった機械装置について、受注増加や生産体制強化を目的として追加導入するケースが該当します。

次に、計画に記載した設備内容や取得スケジュールを変更する場合も変更申請の対象となります。

導入予定だった設備と異なる型番・仕様の設備を採用する場合や、取得予定時期が大きく前後する場合には、計画内容との不整合が生じるため、事前に変更手続きを行う必要があります。

不動産関連の支援措置を新たに活用する場合も注意が必要です。

登録免許税や不動産取得税の軽減措置を目的として、新たに店舗や工場、事業用土地を取得する場合には、追加する不動産を計画に反映させたうえで変更申請を行います。取得後の申請では税制措置を受けられない可能性があるため、事前対応が重要です。

また、計画の実施期間を延長する場合も変更申請が必要となります。

当初3年で設定した計画を、事業環境の変化に応じて4年または5年に延長することで、追加の設備投資や取組を計画に組み込むことが可能になります。ただし、実施期間は認定日から通算して最長5年までという上限がある点には注意が必要です。

経営力向上計画の変更申請は、新規申請と似た流れで進めますが、変更申請特有の追加書類や注意点があります。事前に全体像を把握しておくことで、手戻りや認定遅延を防ぐことができます。

まず最初に行うべきなのが、実施状況報告書の作成です。

実施状況報告書は、計画認定日から変更申請時点までの取組内容や経営指標の進捗状況を報告する書類で、変更申請では必須となります。計画で掲げた各取組について、「計画通り進んでいるか」「一部遅れているか」などを整理し、労働生産性などの指標についても現時点の数値を記載します。

次に、申請方法に応じた手続きを進めます。

電子申請の場合は、経営力向上計画申請プラットフォームにログインし、「変更申請」を選択します。すでに認定を受けている計画内容が自動的に反映されるため、修正が必要な箇所のみを入力すれば申請書を作成できる仕組みとなっています。変更のない項目は、前回申請時の内容をそのまま使用できます。

変更認定申請書では、変更前と変更後の内容を対比して記載します。

どの項目を、どのような理由で変更するのかを明確に示すことが重要です。設備の追加や仕様変更、取得時期の変更などは、審査側が一目で把握できるよう整理して記載します。併せて、直近の経営力向上計画認定書の写しも添付します。

また、追加する設備について税制措置を受ける場合は注意が必要です。

変更申請であっても、新規申請と同様に、対象設備ごとに工業会等の証明書（A類型）または経済産業局の確認書（B類型・D類型・E類型）を取得し、申請書に添付する必要があります。既存設備の証明書を流用することはできないため、追加設備ごとに個別の対応が求められます。

すべての書類を整えたうえで申請を行い、変更認定を受けた後に設備を取得することで、追加分についても税制優遇や支援措置の対象となります。

変更申請から変更認定までに要する処理期間は、新規申請とほぼ同水準と考えて差し支えありません。

経済産業部局宛ての電子申請の場合は約14日（休日を除く）、書面申請の場合は約30日が標準処理期間とされています。ただし、これはあくまで申請内容に不備がなく、審査が円滑に進んだ場合の目安です。

変更内容が多岐にわたる場合や、複数の設備を同時に追加するケースでは、確認事項が増えるため、通常より時間を要することがあります。

変更申請でも、申請内容の不備による差し戻しや照会が発生する可能性があります。特に注意すべきなのが、実施状況報告書の記載内容です。

取組状況の説明が抽象的であったり、経営指標の進捗が十分に示されていなかったりすると、追加説明を求められるケースがあります。また、変更内容の理由や背景が不明確な場合も、審査が長期化しやすくなります。

決算期が近い時期に変更申請を行う場合は、スケジュール管理が極めて重要です。

追加する設備について税制措置を受けるには、その設備を取得した事業年度内に変更認定を受ける必要があります。認定が事業年度をまたいでしまうと、たとえ変更申請自体が受理されていても、税制優遇を受けることはできません。

また、計画の実施期間満了が近づいている場合にも注意が必要です。

実施期間を延長するための変更申請は、必ず実施期間内に完了させなければなりません。期間満了後は変更申請ができず、新たに経営力向上計画を策定して新規申請を行う必要があります。

このように、変更申請では「申請内容」だけでなく、決算期・事業年度・計画期間を踏まえたタイミング管理が、認定可否と税制適用の成否を左右します。余裕を持った準備と早めの申請を心がけることが、確実な制度活用につながります。

経営力向上計画の申請フローは、事前準備から認定、税制措置の適用まで複数のステップで構成されています。申請前にはGビズIDの取得や工業会証明書の準備が必要で、電子申請では約14日で認定が得られます。A類型とB類型で申請フローが異なり、それぞれ適切な証明書類の取得が求められます。税制措置を受けるためには事業年度内の認定が必須であり、決算期を考慮したスケジュール管理が重要です。変更申請では実施状況報告書の作成が必要となり、追加設備についても証明書が求められます。

全体のフローを理解し、各ステップで必要な書類や期間を把握することで、スムーズな申請と確実な支援措置の獲得が可能となります。計画的に進めて経営力向上の取組を成功させましょう。